南京市气象局1993年成立，成立后与省气象台合署办公。2006年5月与省气象台分离， 12月16日，独立建制后的市气象局正式揭牌。市局内设办公室（法规处）、业务科技处、人事教育处、计划财务处4个职能处室，下设5个直属事业单位，管辖江宁、六合、浦口三区和高淳、溧水二县气象局。
　　南京市气象局全面落实科学发展观，树立“三气象”理念、大力实施“三大战略”、争创“四个”，解放思想，开拓创新，深化改革，以提高天气预报准确率为核心，加快气象现代化建设，加强气象科技开发与应用，不断拓宽气象业务服务领域，加强气象文化建设，努力推进气象依法行政工作，气象事业呈现蓬勃生机。
　　南京市气象局业务现代化建设取得长足发展，气象基本业务稳步提高。全市已建成布局合理，分工明确的气象台站网；形成了覆盖全市、观测要素齐全的气象观测系统；初步建立了各种气象灾害的监测网络。